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Fruit de la coopération entre l’Italie et le Burkina Faso, le CNRFP a été créé en 1983 sous la forme d’un projet de médecine communautaire de «lutte contre le paludisme dans la ville de Ouagadougou».
A partir de 1986, le projet de médecine communautaire devient le centre de lutte contre le paludisme, et est considéré comme une référence dans la lutte contre le paludisme.
En 1993, le centre de lutte contre le paludisme devient Centre National de Lutte contre le Paludisme (C.N.L.P.) et chargé de coordonner les activités du Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP).