Fruit de la coopération entre l’Italie et le Burkina Faso, le CNRFP a été créé en 1983 sous la forme d’un projet de médecine communautaire de «lutte contre le paludisme dans la ville de Ouagadougou».

A partir de 1986, le projet de médecine communautaire devient le centre de lutte contre le paludisme, et est considéré comme une référence dans la lutte contre le paludisme.

En 1993, le centre de lutte contre le paludisme devient Centre National de Lutte contre le Paludisme (C.N.L.P.) et chargé de coordonner les activités du Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP).

Au regard de l’expertise et des compétences développées en matière de recherche sur le paludisme, en avril 1998 des journées de réflexion ont été organisées pour réorienter les mission du CNRFP. A cet effet un arrêté ministériel a été pris pour ériger le Centre National de Lutte contre le Paludisme (C.N.L.P.) en Centre National de Recherche et de Formation sur le Paludisme (C.N.R.F.P.). Le volet lutte a été confié au Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) créé en 1995 et rattaché à la Direction Générale de la Santé (DGS).

A partir des années 2000, le CNRFP, grâce à la compétence de ses chercheurs nationaux, acquiert de plus en plus de projets de recherche de grande envergure qui ont assuré son rayonnement scientifique jusqu’à nos jours.

La coopération italienne a soutenu le CNRFP sous forme d’assistance technique sur le plan de son fonctionnement administratif et scientifique, par le biais de différents protocoles d’accord jusqu’en 2018.

Depuis juillet 2018, avec la création de l’Institut National de Santé Publique (INSP) pour coordonner la recherche au sein du Ministère de la santé, le CNRFP est devenu une direction technique dudit institut.