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Le CNRFP est dirigé par un Directeur Technique nommé par arrêté ministériel. L’actuel Directeur Technique du CNRFP est Dr GANSANE Adama, Pharmacien – Pharmacologue (PharmD, Msc, PhD), spécialiste des essais cliniques et principal investigateur de plusieurs projets de recherche sur le paludisme et la dengue. Le directeur technique est assisté d’une secrétaire de direction et de 9 chefs de service qui sont :